唐娜·伯克

“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。　　另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。　　四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。

半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。　　新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……